Letak geografis Kabupaten Biak Numfor berada di sebelah utara daratan Papua, tepatnya pada titik 0’55” – 1’27” Lintang Selatan dan 134’47” – 136′ Bujur Timur dengan luas wilayah daratan sebesar 2.602 km2. Kabupaten ini memiliki dua pulau besar, yaitu Pulau Biak dan Pulau Numfor serta sekitar 42 pulau-pulau kecil.

Sebelah Utara, Kabupaten Biak Numfor berbatasan dengan Kabupaten Supiori dan Samudera Pasifik. Sebelah Selatan adalah Selat Yapen, sementara sebelah Timur berbatasan dengan Samudera Pasifik dan sebelah Barat adalah Kabupaten Manokwari.

Kabupaten Biak Numfor terdiri dari 19 distrik. Lima distrik diantaranya ada di Pulau Numfor yaitu Numfor Barat, Numfor Timur, Orkeri, Poiru dan Bruyadori, 12 distrik lainnya di Pulau Biak yaitu Distrik Oridek, Biak Timur, Biak Kota, Samofa, Yendidori, Biak Utara, Yawosi, Andey, Bondifuar, Warsa, Biak Barat, dan Swandiwe. Adapun 2 distrik lainnya berada di kepulauan yaitu Distrik Padaido dan Aimando.

Dari hasil pencatatan Stasiun Meteorologi Kelas I Frans Kaisiepo Biak, suhu udara rata-rata di wilayah Kabupaten Biak Numfor selama tahun 2017 adalah 27,0 derajat Celsius. Suhu minimum rata-rata pada tahun 2017 adalah 22,7 derajat Celsius, sedangkan suhu maksimum rata-rata adalah 32,0 derajat Celsius. Sementara itu rata-rata kelembaban udara pada tahun 2017 adalah 86,9%.

Dari data tahun 2017 tercatat rata-rata curah hujan adalah 291,6 mm, dengan curah hujan terbesar terjadi pada Bulan Desember (479,1 mm) dan terendah pada Bulan Juli (153,0 mm). Adapun rata-rata jumlah hari hujan dalam satu bulan adalah 22,8 hari hujan.

Total penyinaran matahari setiap bulan pada tahun 2017 adalah 122,9 jam. Pada tahun 2017 penyinaran terlama terjadi pada Bulan September yaitu selama 146,7 jam. Penyinaran terpendek terjadi pada Bulan Juli yaitu selama 80,2 jam. Dari data diperoleh, rata-rata kecepatan angin tiap bulan di tahun 2017 adalah 3 knots. Sedangkan untuk tekanan udara rata-rata tahun 2017 lebih tinggi dari tahun sebelumnya yaitu pada tahun 2016 sebesar 1008,4 mba dan pada tahun 2017 sebesar 1008,5 mba.